文章核心观点 PacBio宣布一项发表于《自然通讯》的研究,其与多方合作利用Paraphase和HiFi长读长测序技术,实现对人类基因组复杂区域的高精度分析,填补基因组研究空白并为疾病研究等带来新机遇 [1][3][4] 研究背景 - 节段性重复区域(SDs)基因对人类健康至关重要,但因序列高度相似,短读长测序难以准确绘制图谱和检测变异 [2] 研究方法 - 研究利用Paraphase信息学工具与HiFi长读长测序结合,通过对单倍型进行定相,克服SDs区域分析挑战 [1][2] 研究发现 - 研究揭示五个祖先群体基因变异新见解,可准确对不同群体中SD编码基因进行基因分型,填补基因组研究空白并助力识别疾病相关变异 [3] - Paraphase能解析长期需专门多步检测的重要基因家族,如在CYP21A2/CYP21A1P区域发现可能导致标准测试误分类的重复等位基因 [3] - 分析36个亲子三人组发现7个未检测到的新发单核苷酸变异(SNVs)和4个新发基因转换事件,其中2个为非等位基因,传统测序无法达到此细节水平 [5] - 研究分析群体中旁系同源基因拷贝数分布,显示SD中许多基因家族拷贝数高度可变,并提供识别参考基因组中假重复的新方法 [5] - 团队确定23个基因与旁系同源物间遗传多样性极低的旁系同源组,表明频繁基因转换和/或不等交换可能在保留高度相似基因拷贝中发挥作用 [5] 研究意义 - 研究表明HiFi测序能呈现更丰富复杂的基因变异图景,Paraphase可精确解析此前难以触及的基因区域,为疾病研究、群体遗传学和临床检测提供新机会 [4] - 长读长基因组测序有助于检测其他方法难以识别的变异,该研究或增强变异检测、解析复杂基因组区域,为患者和家庭提供更多答案 [4] 公司介绍 - PacBio是生命科学技术公司,设计、开发和制造先进测序解决方案,产品基于HiFi长读长测序和SBB短读长测序核心技术,应用于多领域研究 [6]
Scientists Solve One of Genomics' Biggest Challenges by Using HiFi Sequencing to Distinguish Highly Similar Paralogous Genes