数据库发布 - 中国农业科学院郑州果树研究所桃遗传育种团队开发了PeachMD数据库 首次集成桃基因组、表观遗传组、群体遗传变异及多维度表型数据 [1] - 数据库深度整合CRISPR设计、GWAS分析等工具 为桃分子育种和功能基因组学研究提供数据支持 [1] - 数据库网址为http://www.peachmd.com [1] 数据规模 - 包含12个桃基因组 支持基因组间共线性分析 [4] - 整合329个转录组数据集 包括不同组织和发育阶段 支持FPKM/TPM/Read Count多维度表达谱分析 [4] - 收集102个全基因组亚硫酸氢盐测序数据 可解析CG/CHG/CHH不同位点甲基化调控模式 [4] - 包含1313个全基因组重测序数据 涵盖13类关键农艺性状表型 [4] 技术特点 - 采用全过程式设计理念 通过CRISPR-GWAS联动实现从基因挖掘到分子设计全流程覆盖 [5] - 支持多模式检索 可从基因ID、启动子、蛋白结构域等多维度查询 [5] - 集成Gene LiftOver工具 方便不同基因组间的基因比较 [5] - 提供多组学关联分析工具 可揭示基因组变异-表观变异-转录差异协同调控网络 [5] 行业背景 - 高通量测序技术快速发展 测序成本显著降低 生物大数据呈指数级增长 [3] - 多组学技术广泛应用 催生基因组、转录组、表观组等多维度海量数据资源 [3] - 数据积累为解析桃进化历程、挖掘关键基因和指导分子育种提供新机遇 [4]