文章核心观点 PacBio与Covaris联合开发了一套针对福尔马林固定石蜡包埋组织样本的完整工作流程，该流程整合了Covaris的truXTRAC提取技术与PacBio的Kinnex文库制备及Revio系统测序，成功实现了对存档临床样本的高质量、高精度长读长测序，显著提升了从FFPE样本中检测结构变异和进行单倍型定相的能力，为癌症研究等领域开启了利用庞大存档样本库的新机遇 [1][2][5] 技术与工作流程 - 工作流程整合了Covaris基于自适应聚焦声学的truXTRAC FFPE提取技术，能从FFPE组织中回收长达5,000个碱基对的DNA片段 [3] - PacBio的Kinnex文库制备技术将这些片段连接成更长的分子，使其适用于高精度长读长测序，从而提高了效率和数据质量 [3] - 该解决方案旨在解决因固定导致的DNA损伤和片段化问题，使研究人员能够从存档的肿瘤样本中生成高质量的高精度长读长测序数据 [2] 性能与数据成果 - 在脑、肾和子宫肿瘤样本的研究中，每个样本产生了超过1亿条高精度长读长序列，平均读长在750至1,500个碱基对之间 [4] - 每个样本的数据能够检测到超过11,000个结构变异和超过500万个小型变异，其中约60%被直接定相为单倍型 [4] - 相比之下，短读长测序通常每个样本只能检测到3,000至7,000个结构变异，不到此工作流程产量的一半，且在直接对变异进行单倍型定相方面能力有限 [4] - 该工作流程在不同组织类型和不同DNA质量的样本中表现出一致的性能 [5] 市场与应用意义 - FFPE样本是肿瘤学研究中最丰富且最具临床相关性的生物材料来源之一 [2] - 该工作流程为利用Revio和Vega系统对大量存档样本进行高精度长读长测序打开了大门 [5] - 随着SPRQ-Nx技术将每个基因组的测序成本显著降低，临床研究人员可以重新研究这些样本，以发现结构变异、定相突变并解析短读长测序无法触及的复杂基因组区域 [5] - 通过释放FFPE样本用于高精度长读长测序，该方案有助于将未充分利用的样本库转化为强大的数据集，为人工智能驱动的发现丰富了数据背景和规模，并实现了此前无法获得的新生物学发现 [5] 公司合作与评论 - Covaris首席执行官表示，此次合作体现了双方通过创新、集成的解决方案推进基因组学研究的共同承诺，结合其成熟的提取技术与PacBio的测序专业知识，使研究人员能够从最具挑战性的FFPE样本中获取宝贵见解 [5] - PacBio全球营销副总裁指出，此工作流程令人兴奋之处在于它为利用Revio和Vega系统进行高精度长读长测序开启了庞大的存档样本库 [5]