基因调控网络
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高分辨率人群免疫多组学图谱完成绘制 “细胞士兵”有了“身份证”
科技日报· 2026-02-09 10:53
研究核心突破 - 深圳华大生命科学研究院等机构联合绘制出全球首个千万级免疫细胞图谱,即高分辨率人群免疫多组学图谱,相关成果发表于《科学》期刊 [1] - 该研究通过对中国自然人群队列中超过1000万个外周血免疫细胞进行系统性多组学深度解析,突破了传统免疫学研究视角的局限 [1][2] 技术方法与发现细节 - 研究基于千万级细胞的单细胞转录组、表观组及血浆脂质组、代谢组数据,成功鉴定出73种免疫细胞亚型,包括占比不足千分之一的罕见细胞 [2] - 研究团队为每种细胞建立了详细的分布及基因表达特征“身份证”,并探索了年龄、性别等因素与特定免疫细胞特征的关联性 [2] - 团队绘制了免疫细胞的基因调控图谱,揭示了转录因子如何精确指挥1万多个靶基因工作,并发现调控模式会随衰老和性别调整 [3] - 研究发现了9600个受遗传调控的基因和超过5万个染色质开放区域,其中近三分之一的调控效应具有细胞类型特异性 [3] - 研究发现免疫细胞的调控系统具有显著动态性,在B细胞和单核细胞分化过程中,近半数遗传调控效应会随细胞状态改变而动态变化 [3] 对疾病研究与精准医疗的意义 - 研究整合154种分子和疾病性状数据,在68种免疫细胞中发现了1196个显著的遗传关联,其中73.2%的关联仅存在于特定细胞类型中 [4] - 研究揭示超过三分之二的疾病相关变异具有细胞类型特异性,为理解疾病机制提供了关键方向 [5] - 以哮喘为例,研究揭示了一个关键变异如何在特定的调节性T细胞中调控基因表达,进而影响炎症因子水平并提高个体哮喘风险 [5] - 该图谱为东亚人群提供了系统的高分辨率基础资源,为疾病易感性、免疫衰老与群体差异研究奠定了关键基线 [5] 创新工具与未来展望 - 研究团队开发了创新的AI解决方案——CIMA细胞语言模型,能够准确预测染色质可及性,评估非编码变异的功能影响 [5] - 在对32种免疫细胞的测试中,该模型表现出非常高的准确度,并成功预测出多个疾病相关非编码变异的功能效应 [6] - 该研究框架体现了将细胞图谱分析与基因组基础大模型整合的潜力,旨在构建从DNA序列到细胞功能的多层次智能预测框架 [6] - 华大集团首席执行官尹烨介绍,CIMA二期已启动,将与细胞组学技术等新技术结合,深耕重大疾病领域 [6]
破译蚂蚁社会“文明”的基因密码
科技日报· 2025-07-09 10:42
蚂蚁社会性演化的遗传基础研究 - 全球蚂蚁基因组联盟(GAGA)在《细胞》发表研究,揭示蚂蚁适应性辐射与社会性演化的遗传机制,通过比较不同社会组织结构的蚂蚁物种,发现与生殖分工和社会性特征相关的关键调控基因 [1] - 研究整合163种蚂蚁全基因组数据,重构蚁科"生命之树",涵盖现生蚂蚁12个亚科和97个属,将蚂蚁共同祖先追溯至侏罗纪晚期约1.57亿年前 [1] 嗅觉感知与品级分化的遗传证据 - 蚂蚁共同祖先基因组中与嗅觉感知相关的基因家族显著扩增,表明其已具备社会通信的分子基础 [2] - 正蚁类祖先中检测到与蚁后-工蚁分化相关的基因正选择信号,显示白垩纪时期社会分工关键通路经历强烈选择压力 [2] 染色体演化与物种多样性关联 - 蚂蚁单倍体染色体数目差异极大(1-60条),比较17个物种发现弓背蚁、大头蚁等属染色体重排速率显著上升 [2] - 染色体重排速率与物种多样性呈正相关,但基因组中保留970个保守共线性区域块,构成核心基因调控网络 [3] 社会性状演化的保守信号通路 - 蚂蚁社会性状受保幼激素、丝裂原活化蛋白激酶和胰岛素三大保守信号通路调控,核心蛋白决定蚁后与工蚁分化 [4] - 巢穴群体规模和蚁后-工蚁分化程度是社会性关键因素,其相关性基因组自然选择信号变化高度吻合 [5] 多维度分子遗传机制 - 保幼激素和胰岛素信号通路在社会性演化中起核心作用,社会性状相关性共同塑造表型多样性 [6] - 研究从基因水平、家族、调控网络和信号通路等多维度揭示蚂蚁社会性演化的分子基础 [6]
浙江大学/华大合作发表最新Cell论文
生物世界· 2025-06-17 07:37
蚂蚁社会性演化的遗传基础研究 - 全球蚂蚁基因组联盟(GAGA)在Cell发表研究论文,整合163种蚂蚁全基因组数据,重构蚁科生命之树,覆盖现生蚂蚁12/16亚科和97/343属,将蚂蚁共同祖先追溯至1.57亿年前侏罗纪晚期[2] - 研究发现蚂蚁共同祖先基因组中嗅觉感知基因家族显著扩增,已具备社会通信分子机制,而占现存蚂蚁90%的正蚁类祖先中,蚁后-工蚁分化相关基因存在强烈正选择信号[4] 基因组演化特征 - 蚂蚁单倍体染色体数目跨度1-60,染色体重排速率显著高于哺乳类等脊椎动物,且与物种多样性呈正相关,如弓背蚁、大头蚁等物种丰富属中重排速率激增[6] - 尽管基因组重排频繁,仍保留970个保守共线性区域块构成核心基因调控网络,支撑基础发育与复杂社会系统功能[7] 社会性状的分子调控机制 - 保幼激素、MAPK和胰岛素三大保守信号通路调控蚂蚁社会性状演化,其核心蛋白决定个体身份分化,不同种类蚂蚁中这些通路作用机制存在适应性差异[8] - 群体规模和蚁后-工蚁分化程度是社会性演化的两大关键因素,其他社会性状(如工蚁体型差异)的遗传基础呈现趋同选择信号,并通过核心基因网络协同演化[9] 研究意义与未来方向 - 首次从基因家族、调控网络等多维度揭示蚂蚁社会性演化的分子基础,建立候选基因与社会性状的功能联系[12][13] - 待解问题包括蚁后长寿机制、相同基因组产生表型差异的原因等,未来将利用多组学技术进一步探索[13] - 研究证实基因网络模块重塑过程中表型性状协同演化,最终驱动蚂蚁物种和社会性状多样化[13]
哺乳动物回声定位趋同机制揭示
科技日报· 2025-06-12 09:00
哺乳动物回声定位趋同机制研究 核心发现 - 首次从表观遗传调控层面揭示不同哺乳动物海马区回声定位的分子趋同机制 [1] - 研究覆盖蝙蝠、齿鲸、猪尾鼠等5个远缘哺乳动物类群,其回声定位能力虽独立进化但功能高度相似 [1] - 发现222个共享开放染色质区域,数量显著高于随机预期,与突触可塑性通路密切相关 [1] 技术方法 - 整合染色质可及性测序、转录组测序和透射电镜技术,比较中华菊头蝠、普通长翼蝠及大娄山猪尾鼠的海马区特征 [1] - 透射电镜证实大娄山猪尾鼠海马区突触密度和线粒体密度显著高于实验室小鼠 [1] 基因调控网络 - 传统听觉相关基因在回声定位物种海马区调控网络中异常活跃,可能参与空间定位功能构建 [2] - 非编码调控区域的进化重复性被证实为行为趋同的关键驱动力,突破蛋白质编码基因研究的局限 [2] 模式动物价值 - 确立大娄山猪尾鼠为新型模式动物类群,其与实验室小鼠遗传背景相近,利于神经机制解析 [2] - 研究成果为复杂性状进化机制提供新范式,并奠定回声定位神经编码原理研究的基础 [2]