多组学数据库
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“AI育种家”可将棉花杂交育种组合效率提升20倍
科技日报· 2025-10-13 07:56
记者10月9日从浙江大学获悉,该校日前发布基于棉花全基因组大数据与AI加速算法的一站式育种智能 体——"AI育种家"。该成果由浙江大学农业与生物技术学院教授张天真团队携手华为技术有限公司、北 京大蚯蚓数字科技有限公司联合研发,可将棉花杂交育种组合效率提升20倍,将棉花育种周期从6—8年 压缩到3—4年。 使用"AI育种家"时,育种人员若想查询某个棉花品种的高产、优质或抗病基因,只需直接输入问题,平 台即可迅速调出结果;若要设计棉花杂交亲本选配或基因聚合育种方案,只需输入目标性状,系统也能 快速生成最优方案。 值得一提的是,"AI育种家"在设计之初就具备多作物扩展能力,正逐步延伸应用于水稻、大豆、油菜、 西瓜、西蓝花等作物的育种研究。 (文章来源:科技日报) 为解决传统育种难题,张天真团队系统分析了全球5000余个棉花品种,解析出79642个基因中隐藏的遗 传密码,鉴定出1000多个和产量、品质相关的基因位点,成功构建了全球首个棉花多组学数据库平台 COTTONOMICS。3年来,该平台访问量已超9万次,成为棉花研究的"知识中心"。 联合团队还构建了几乎覆盖全部棉花优异基因的核心种质库,研发出全基因组选择育种液 ...
桃多组学数据库发布,全流程覆盖基因挖掘到分子设计
环球网资讯· 2025-07-14 14:42
数据库发布 - 中国农业科学院郑州果树研究所桃遗传育种团队开发了PeachMD数据库 首次集成桃基因组、表观遗传组、群体遗传变异及多维度表型数据 [1] - 数据库深度整合CRISPR设计、GWAS分析等工具 为桃分子育种和功能基因组学研究提供数据支持 [1] - 数据库网址为http://www.peachmd.com [1] 数据规模 - 包含12个桃基因组 支持基因组间共线性分析 [4] - 整合329个转录组数据集 包括不同组织和发育阶段 支持FPKM/TPM/Read Count多维度表达谱分析 [4] - 收集102个全基因组亚硫酸氢盐测序数据 可解析CG/CHG/CHH不同位点甲基化调控模式 [4] - 包含1313个全基因组重测序数据 涵盖13类关键农艺性状表型 [4] 技术特点 - 采用全过程式设计理念 通过CRISPR-GWAS联动实现从基因挖掘到分子设计全流程覆盖 [5] - 支持多模式检索 可从基因ID、启动子、蛋白结构域等多维度查询 [5] - 集成Gene LiftOver工具 方便不同基因组间的基因比较 [5] - 提供多组学关联分析工具 可揭示基因组变异-表观变异-转录差异协同调控网络 [5] 行业背景 - 高通量测序技术快速发展 测序成本显著降低 生物大数据呈指数级增长 [3] - 多组学技术广泛应用 催生基因组、转录组、表观组等多维度海量数据资源 [3] - 数据积累为解析桃进化历程、挖掘关键基因和指导分子育种提供新机遇 [4]