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Spatial Transcriptomics
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Illumina partners go beyond the genome, driving cancer breakthroughs using spatial transcriptomics, epigenomics, and proteomics
Prnewswire· 2026-02-25 22:15
公司核心技术平台与产品进展 - 公司宣布其客户在肿瘤学领域取得新突破,这些突破由公司的空间转录组学、5碱基测序和蛋白质组学技术驱动[1] - 公司推出的“Illumina Connected Multiomics”平台用于多模态数据分析,能够整合多种组学见解,为精准诊断、靶向治疗开发和肿瘤微环境理解提供新视角[1] - 公司的空间转录组技术能够以1微米分辨率对组织进行全转录组捕获,并重建组织组织的三维图像,其大捕获区域和连续切片有助于解析单细胞厚度的层次[1] - 在一项内部研究中,公司的空间转录组技术在灵敏度、分辨率和通量方面优于其他竞争技术,同时成本更低,该研究在乳腺癌进展图谱中,每个细胞发现了超过2000个独特的转录本[1] - 公司的5碱基解决方案能够同时对肿瘤样本进行基因组和甲基化分析,在基于甲基化的分类器中,能够预测仅靠基因组学方法会漏检的横纹肌样瘤[1] - 公司的“Illumina Protein Prep”技术帮助研究人员在卵巢癌中发现了新的基因组、蛋白质和通路,为癌症生物学研究、生物标志物和药物开发开辟了新方向[1] - 通过将Protein Prep和5碱基数据在“Illumina Connected Multiomics”中整合分析,快速解决了一例假阳性病例[1] - “Illumina Connected Multiomics”的多模态分析克服了孤立检测产生的碎片化、孤岛式视图,使研究人员能够更深入地理解癌症机制、肿瘤异质性和潜在治疗靶点[1] 客户应用与临床研究突破 - 贝斯以色列女执事医疗中心的研究人员利用公司的空间转录组技术和可视化软件研究人类淋巴结和淋巴管,生成了首个关于人类淋巴收集管的全转录组空间数据集[1] - 布罗德临床实验室的研究团队与波士顿和欧洲的医院合作伙伴,探索应用公司的5碱基解决方案支持儿童肾癌的临床研究,旨在为如威尔姆斯瘤和横纹肌样瘤等非常罕见的肿瘤开发非侵入性诊断方法[1] - 南加州大学凯克医学院的Bodour Salhia教授将公司的5碱基解决方案、Protein Prep技术和空间转录组技术应用于附件肿块,首次实现了对附件肿块的空间分析,并揭示了此前未报告的局部肿瘤生物学特征[1] - 该多组学框架为卵巢癌研究奠定了基础,并为开发针对特别具有挑战性的卵巢癌的有效液体活检铺平了道路,有望改变诊断实践和患者结局[1] - 在卵巢癌研究中,甲基化信号在区分恶性和良性样本方面优于传统方法[1] - 空间转录组数据帮助解析了导致假阳性结果的信号[1] 行业与市场趋势 - 首席执行官Jacob Thaysen指出,解锁人类基因组已改变癌症治疗的面貌,并催生了对下一波生物学见解的需求[1] - 研究人员正在迅速采用多组学和信息学技术,以大规模扩展对生物学的理解[1] - 公司简化的多组学工作流程正使客户在肿瘤学、药物基因组学等领域取得突破性进展[1] - 空间技术在探索生物分子特征方面具有潜力,这些特征可以改善癌症的诊断和预后,甚至解释其如何在体内转移[1] - 近80%的卵巢癌在晚期才被诊断,此时生存率降至约30%,而早期发现时生存率超过90%[1] - 目前对于出现附件肿块的女性,准确区分良恶性疾病对指导适当的转诊和手术治疗至关重要,但现有诊断工具缺乏足够的准确性[1]
Cell:“鱼与熊掌兼得”!王思远团队开发单分子分辨率、覆盖全基因组的空间转录组学新技术
生物世界· 2025-10-03 12:50
空间转录组学技术现状与挑战 - 现有技术分为空间捕获/标记技术和基于图像的技术两大类 [3] - 空间捕获技术可实现全基因组转录本覆盖但空间分辨率较低且无法保留细胞形态 [3] - 基于图像技术可实现单分子空间分辨率并保持细胞形态但转录组覆盖率低 [3] - 两类方法存在"鱼与熊掌不可兼得"的困境阻碍精细空间尺度的无偏倚全局转录组分析 [3] RAEFISH技术突破性特点 - RAEFISH是一种基于图像的空间转录组学新方法由耶鲁大学团队开发 [4] - 该方法具备全基因组覆盖范围可检测小鼠22000个基因和人类23000个基因 [4] - 实现完整组织中的单分子分辨率可精确定位单个RNA分子在细胞内的位置 [4] - 首次解决现有技术转录组覆盖率和空间分辨率只能二选一的困境 [4] RAEFISH技术应用与验证 - 在单细胞和组织切片中对23000个人类基因或22000个小鼠基因转录本进行空间分析 [5] - 分析结果揭示转录本特异性亚细胞定位和细胞类型特异性分区依赖性转录组 [5] - 展示偏好性细胞间相互作用的基因程序 [5] - 该技术可用于基于图像的高内涵CRISPR筛选中直接读取gRNA的空间信息 [5] RAEFISH技术的行业影响 - 能够对长链/短链、天然/人工合成RNA进行高覆盖度高分辨率空间定位分析 [7] - 标志着空间转录组学领域的重大飞跃首次结合全基因组检测与单分子级分辨率 [7] - 为生命科学和生物医学研究提供强大发现工具包括发育生物学、神经科学、肿瘤微环境研究和药物发现 [7]