For the quarterly period ended September 30, 2021 or ☐ TRANSITION REPORT PURSUANT TO SECTION 13 OR 15(d) OF THE EXCHANGE ACT OF 1934 For the transition period from to UNITED STATES SECURITIES AND EXCHANGE COMMISSION Washington, D.C. 20549 FORM 10-Q (Mark One) ☒ QUARTERLY REPORT PURSUANT TO SECTION 13 OR 15(d) OF THE SECURITIES EXCHANGE ACT OF 1934 Commission File Number: 001-37378 ATYR PHARMA, INC. (Exact name of registrant as specified in its charter) Delaware 20-3435077 (State or other jurisdiction of inc ...

UNITED STATES SECURITIES AND EXCHANGE COMMISSION Washington, D.C. 20549 FORM 10-Q (Mark One) ☒ QUARTERLY REPORT PURSUANT TO SECTION 13 OR 15(d) OF THE SECURITIES EXCHANGE ACT OF 1934 For the quarterly period ended June 30, 2021 3545 John Hopkins Court, Suite #250, San Diego, CA 92121 (Address of principal executive offices) (Zip Code) (858) 731-8389 (Registrant's telephone number, including area code) or ☐ TRANSITION REPORT PURSUANT TO SECTION 13 OR 15(d) OF THE EXCHANGE ACT OF 1934 For the transition perio ...

财务数据关键指标变化：收入和利润 - 2021年第一季度净亏损为720万美元[82] 财务数据关键指标变化：成本和费用 - 2021年第一季度研发费用为450万美元，较2020年同期的360万美元增加90万美元[101] - 2021年第一季度总务和行政费用为270万美元，与2020年同期的260万美元基本持平[102] - 2021年第一季度其他收入净额为4.7万美元，而2020年同期为净支出10.7万美元，变化主要由于贷款已于2020年11月全部还清[102] 财务数据关键指标变化：现金流 - 2021年第一季度经营活动所用净现金为583万美元[81][82] - 2021年第一季度融资活动提供净现金2486万美元，主要来自ATM发行计划净筹资960万美元及与Aspire Capital协议净筹资1520万美元[81][84] - 2021年第一季度投资活动所用净现金为2340万美元[81][83] 财务状况与资本资源 - 截至2021年3月31日，公司累计赤字为3.457亿美元[75] - 截至2021年3月31日，公司现金、现金等价物和可供出售投资总额为5060万美元[75] - 2020年2月后续公开发行及超额配售权行使后，总收益约为2070万美元[78] 业务线表现：合作与里程碑 - 公司与Kyorin合作获得800万美元首付款，并在2021年1月因一期临床试验完成入组获得200万美元里程碑付款[70] - 根据与Kyorin的协议，公司有资格获得高达1.65亿美元的额外里程碑付款，以及日本净销售额中个位数到十几位数的分层特许权使用费[70] - 与Kyorin合作获得800万美元首付款和200万美元里程碑付款，并有资格获得总额高达1.65亿美元的额外里程碑付款[90][91] - 子公司Pangu BioPharma与香港科技大学获得约75万美元赠款，用于开发双特异性抗体高通量平台[72] 管理层讨论和指引 - 公司预计当前及未来年度研发费用水平将增加，主要用于ATYR1923和ATYR2810的临床开发及生产[94] - 公司未来资本需求难以预测，取决于临床试验类型、数量、范围、进展、结果、成本和时间等多种因素[86] - 公司计划通过股权融资、合作、战略伙伴关系或许可安排等方式满足现金需求，直至能产生可观产品收入[86] - 若通过股权融资，现有股东权益将被稀释；若通过债务融资，将增加固定支付义务并可能受到限制性条款约束[87] 风险因素 - COVID-19疫情导致公司正在进行的1b/2a期临床试验许多站点暂停给药和/或招募新患者，可能进一步延迟试验[95] - 与Kyorin的合作协议规定，Kyorin有权在协议生效一周年后，提前90天书面通知以任何理由终止协议[93]

UNITED STATES SECURITIES AND EXCHANGE COMMISSION WASHINGTON, D.C. 20549 FORM 10-K (Mark One) ☒ ANNUAL REPORT PURSUANT TO SECTION 13 OR 15(d) OF THE SECURITIES EXCHANGE ACT OF 1934 For the fiscal year ended December 31, 2020 or ☐ TRANSITION REPORT PURSUANT TO SECTION 13 OR 15(d) OF THE SECURITIES EXCHANGE ACT OF 1934 For the transition period from to Commission file number: 001-37378 ATYR PHARMA, INC. (Exact name of registrant as specified in its charter) Delaware 20-3435077 (State or other jurisdiction of i ...

财务数据关键指标变化：收入和利润 - 公司2020年第三季度收入为14.8万美元，同比下降19.6%（2019年同期为184万美元）[110] - 2020年前九个月收入大幅增长至840.2万美元，较2019年同期27.8万美元增长2921.6%[113] - 公司从协和麒麟协议中确认九个月许可收入800万美元[99] - 公司从CSL协议中确认九个月许可收入40万美元[100] 财务数据关键指标变化：成本和费用 - 研发费用2020年第三季度达461.6万美元，同比增长21.5%（2019年同期为379.9万美元）[111] - 公司研发费用将增加主要用于ATYR1923两项临床试验[102] - 通货膨胀增加劳动力成本、制造费用、临床试验及其他研发行政成本[139] 业务线表现：ATYR1923相关进展 - 公司获得协和麒麟制药ATYR1923日本授权首付款800万美元[89][97] - 公司有资格获得ATYR1923日本开发和销售里程碑付款总计1.67亿美元[89][97] - ATYR1923新冠肺炎二期临床试验完成32名患者入组超过30名目标[88] - 新冠肺炎大流行导致肺部结节病临床试验患者入组延迟[95][103] 业务线表现：合作与资助 - 公司子公司香港磐石医药获得香港政府创新科技基金拨款75万美元[91] - 公司需承担合作项目总成本的50%[93] 现金流与融资活动 - 2020年前九个月经营活动现金流为-990万美元，较2019年同期-1509.7万美元改善34.4%[122][124] - 2020年前九个月融资活动现金流为1514.4万美元，主要来自股权融资[126] - 2020年2月公开发行募资2070万美元（扣除承销费用前）[119] - ATM发行计划2019年募资330万美元，2020年前九个月募资250万美元[118] - 公司于2020年11月3日全额偿还定期贷款，最终付款额为融资额的8.75%[121][132] - 公司银行贷款总额为2000万美元分三批发放[106] 财务状况与风险 - 截至2020年9月30日，公司累计赤字达3.336亿美元[116] - 现金及现金等价物为3610万美元，预计可支撑至少一年运营[116] - 公司现金及现金等价物和可供出售投资无重大违约或流动性风险[136] - 公司现金及现金等价物和可供出售投资存在市值不利变动风险[136] - 公司存放于金融机构的现金及现金等价物金额超过联邦保险限额[136] 外汇与汇率风险 - 公司承担以英镑、欧元、港币和澳元计价的境外合同义务[137] - 公司业务受美元与外币汇率波动影响[137] - 公司未进行外汇对冲交易以规避汇率风险[137] - 英镑因英国脱欧决策呈现较高波动性[137] - 汇率10%波动（美元兑英镑或美元兑欧元）不会对经营成果或财务状况产生重大影响[137] 通货膨胀影响 - 通货膨胀增加劳动力成本、制造费用、临床试验及其他研发行政成本[139] - 通货膨胀未对报告期内经营成果或财务状况产生重大影响[139]

收入和利润 - 2020年第二季度收入为18.9万美元，较2019年同期的9.4万美元增长101%[110] - 2020年上半年收入为825.4万美元，较2019年同期的9.4万美元大幅增长8583%[114][115] - 公司根据与Kyorin的协议在截至2020年6月30日的六个月内确认了800万美元的许可收入[95] - 公司根据与CSL的协议在截至2020年6月30日的六个月内确认了30万美元的许可收入[99] 成本和费用 - 2020年第二季度研发费用为436.1万美元，较2019年同期的331.4万美元增长32%[110][111] - 2020年上半年研发费用为797.7万美元，较2019年同期的665.9万美元增长20%[114][116] - 公司预计当前年度研发费用将增加，主要涉及ATYR1923针对肺结节病的一b/二期临床试验和针对COVID-19的二期临床试验[102] - 公司研发费用主要包括人员薪酬、临床前及临床活动相关费用、临床研究组织费用以及材料和生产成本[100][107] 业务发展与合作协议 - 公司与Kyorin制药签订ATYR1923在日本开发和商业化许可协议，获得800万美元首付款，并有资格获得总额高达1.67亿美元的里程碑付款及日本净销售额中个位数到十几位数的分层特许权使用费[87][93] - 公司与CSL Behring的研究合作涉及最多四个tRNA合成酶项目，每个项目可获得高达425万美元的期权费，若全部四个项目推进，总额达1700万美元[90][97] - 公司子公司Pangu BioPharma与香港科技大学获得香港政府约75万美元赠款，用于开发双特异性抗体高通量平台，公司承担项目总成本约50%[89] 临床试验进展与影响 - 公司ATYR1923针对COVID-19重症患者的二期临床试验正在美国最多10个中心招募30名患者，预计今年第四季度获得数据[86] - COVID-19大流行导致公司肺结节病一b/二期临床试验患者招募延迟及部分患者退出，试验顶线结果公布推迟[91][103] 现金流与财务状况 - 截至2020年6月30日，公司累计赤字为3.27亿美元，现金及等价物和可供出售投资为4140万美元[119] - 2020年上半年经营活动所用现金净额为434.5万美元，较2019年同期的1084.4万美元改善60%[126] - 2020年上半年融资活动提供现金净额为1481万美元，主要来自2020年2月后续公开发行募集的1880万美元（净额）[128] - 公司预计现有现金资源足以支持自10-Q季度报告提交之日起至少一年的运营[119] - 截至2020年6月30日，公司现金及现金等价物和可供出售投资总额为4140万美元[135] 债务与融资 - 公司于2016年与硅谷银行等贷方签订贷款协议，可获得总额2000万美元的定期贷款，分三批发放，分别为1000万美元、500万美元和500万美元[106] - 公司计划于2020年11月贷款到期时偿还贷款协议项下的未偿金额[121] - 定期贷款利率为华尔街日报公布的最优惠利率加4.10%[138] 风险因素与市场风险 - 利率瞬时统一上升100个基点不会对公司经营业绩产生重大影响[135] - 利率上升一个百分点不会对公司的经营业绩产生重大影响[138] - 美元对英镑或欧元汇率波动10%不会对公司的经营业绩或财务状况产生重大影响[139] - 公司未进行外汇对冲交易以规避外汇风险[139] - 英镑因英国脱欧决定波动性增加，但迄今未对公司产生重大影响[139] - 通货膨胀未在所述期间对公司的经营业绩或财务状况产生重大影响[140] - 公司未来资本需求取决于多种因素，包括ATYR1923临床试验的进展和结果以及COVID-19大流行的影响[130] 其他财务与运营事项 - 公司无任何表外安排[134] - 公司持有超过联邦保险限额的大量现金及现金等价物[137]

业务发展与合作协议 - 公司与Kyorin签订协议获得800万美元首付款并有资格获得总额高达1.67亿美元的里程碑付款[87] - 公司根据Kyorin协议在2020年第一季度确认790万美元许可收入[96] - 公司根据与CSL的协议在2020年第一季度确认20万美元许可收入[101] - 公司有资格从CSL获得每个合成酶项目高达425万美元的期权费总额为1700万美元[91][98] - 公司子公司Pangu BioPharma获得香港政府约75万美元的资助用于开发双特异性抗体平台[89] 产品研发与临床试验进展 - 公司主要候选产品ATYR1923正在针对间质性肺病进行1b/2a期临床试验[85] - 公司正在针对伴有严重呼吸系统并发症的COVID-19患者进行ATYR1923的2期临床试验[86] - COVID-19大流行导致公司1b/2a期临床试验患者入组延迟及部分患者退出[92][104] - 公司预计与COVID-19相关的2期临床试验数据将在当年获得[86] 收入表现 - 2020年第一季度收入为806.5万美元，其中与Kyorin协议的许可收入为790万美元，与CSL协议的许可收入为20万美元[111] 成本与费用 - 2020年第一季度研发费用为361.6万美元，较2019年同期的334.5万美元增加27.1万美元，主要因ATYR1923临床实验推进[112] - 通货膨胀通过增加劳动力、生产、临床试验及其他研发和管理成本影响公司[135] 现金流状况 - 2020年第一季度净现金由经营活动提供205.8万美元，主要得益于Kyorin协议800万美元首付款，而2019年同期为净现金用于经营活动602.3万美元[121] - 2020年第一季度融资活动净现金流入1677.9万美元，主要来自2020年2月后续公开发行股票净收益1880万美元，部分被偿还200万美元定期贷款抵消[124] - 2020年第一季度投资活动净现金流入1140.6万美元，而2019年同期为净现金流出335.5万美元，波动主要因投资买卖和到期的时间差异[122] 融资与资本活动 - 公司从贷款人处获得总额为2000万美元的定期贷款分三批发放[107] - 2020年2月后续公开发行股票总收益约为2070万美元，发行4,235,294股普通股，每股公开发行价格为4.25美元[120] - 公司通过ATM计划在2019年以每股平均价格5.43美元出售611,687股普通股，净收益为300万美元，但2020年第一季度未使用该计划[119] 财务状况与流动性 - 截至2020年3月31日，公司累计赤字为3.206亿美元，现金及现金等价物和可供出售投资总额为4980万美元，预计可支持至少一年运营[114] 利率风险 - 公司定期贷款利率为最优惠利率加4.10%，利率每上升1个百分点将使年度利息费用增加约10万美元[133] - 公司投资组合平均到期期限少于一年，利率瞬时均匀上升100个基点不会对经营业绩产生重大影响[131] 汇率风险 - 公司产生以英镑、欧元、港币和澳元等非美元计价的海外开支，但未进行外汇对冲交易以规避汇率风险[134] - 汇率波动（特别是英镑因英国脱欧产生的高波动性）可能对公司费用、经营业绩、财务状况和现金流产生不利影响[134] - 截至报告期末，10%的美元兑英镑或美元兑欧元汇率波动不会对公司的经营业绩或财务状况产生重大影响[134] 通货膨胀影响 - 在所述报告期内，通货膨胀未对公司的经营业绩或财务状况产生重大影响[135]

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UNITED STATES SECURITIES AND EXCHANGE COMMISSION Washington, D.C. 20549 FORM 10-Q (Mark One) ☒ QUARTERLY REPORT PURSUANT TO SECTION 13 OR 15(d) OF THE SECURITIES EXCHANGE ACT OF 1934 For the quarterly period ended September 30, 2019 or ☐ TRANSITION REPORT PURSUANT TO SECTION 13 OR 15(d) OF THE SECURITIES EXCHANGE ACT OF 1934 For the transition period from to Commission File Number: 001-37378 ATYR PHARMA, INC. (Exact name of registrant as specified in its charter) (State or other jurisdiction of incorporatio ...

财务数据关键指标变化 - 2019年上半年净亏损1200万美元，较2018年同期的2110万美元有所改善[87] - 截至2019年6月30日，公司累计亏损达3.107亿美元[87] - 截至2019年6月30日，公司累计赤字达3.107亿美元，现金及等价物为4240万美元，预计可支撑未来一年的运营需求[109] - 2019年上半年经营活动净现金流出1084万美元，较2018年同期的1976万美元改善，主要因净亏损减少（1200万美元 vs 2110万美元）[116] 成本和费用 - 研发费用从2018年同期的648万美元降至2019年的331万美元，主要因人员成本减少150万美元及终止与Scripps研究所的合作[103] - 公司2019年第二季度的一般和管理费用为240万美元，较2018年同期的350万美元减少110万美元，主要由于2018年5月裁员导致人员相关成本减少80万美元，专业费用减少30万美元[104] - 2019年上半年的研发费用为670万美元，较2018年同期的1260万美元减少590万美元，主要由于人员成本减少260万美元、与Scripps研究所合作终止减少100万美元、产品制造成本减少70万美元及非临床研究费用减少170万美元[106] 融资活动 - 2019年4月通过定向增发以每股7.57美元出售660,154股普通股，筹集约500万美元[84] - 2019年6月与H.C. Wainwright合作启动ATM发行计划，以每股5.43美元出售611,687股普通股，净收益300万美元[86] - 2016年6月启动的ATM发行计划累计以每股7.88美元出售243,393股普通股，净收益180万美元[85] - 2019年4月公司通过定向增发以每股7.57美元出售660,154股普通股，筹集约500万美元[111] - 2019年6月公司与Wainwright签订ATM计划，以每股5.43美元出售611,687股普通股，净筹资300万美元[113] - 2016年11月签订的2000万美元贷款协议已分三批发放（2016年11月1000万、2017年6月500万、2017年12月500万），2018年6月起开始偿还本金[114] 业务线表现 - 公司主要候选药物ATYR1923针对间质性肺病（如肺结节病）正在进行1b/2a期临床试验[81] - 公司与CSL Behring达成研究合作，每个tRNA合成酶项目可获得425万美元的期权费用，若四个项目全部推进则总计1700万美元[82] 财务风险与会计政策 - 公司尚未实现盈利，运营资金主要依赖股权融资、可转换债务及风险贷款[83] - 2019年1月采用新租赁会计准则（ASU 2016-02），确认长期经营租赁的使用权资产和租赁负债[89] - 公司现有贷款采用浮动利率（基准利率+4.10%），利率每上升1个百分点将导致年利息支出增加约10万美元[126] - 公司海外支出涉及英镑、欧元等货币，但未采取汇率对冲措施，10%的汇率波动对财务影响不显著[127] 投资活动 - 2019年上半年投资活动净现金流出106万美元，主要由于110万美元的证券净购买；2018年同期净流入1858万美元，因证券到期变现1910万美元[117]