转录因子结合位点(TFBS)基序

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AI设计人类增强子!超越天然增强子,短至50bp也能实现细胞特异性
生物世界· 2025-06-05 11:43
基因治疗与合成生物学技术突破 - 华盛顿大学和Altius生物医学科学研究所通过迭代深度学习技术,成功设计出比天然增强子更高效、更简洁的合成增强子(短至50bp),在人类细胞中实现前所未有的细胞类型特异性 [2] - 研究发表于2025年6月4日的《Cell Systems》,采用两轮"设计-实验-优化"循环:第一代设计基于29891个天然增强子数据生成1037个合成增强子,第二代优化后设计出688个新型增强子,在HepG2和K562细胞中分别实现46.2倍和6.7倍的中位表达量提升 [3][6] - 合成增强子通过嵌入高频率转录因子结合位点(TFBS)基序,其序列语法比天然增强子更紧凑,且活性与单细胞转录因子表达相关 [7] 技术优势与创新 - 突破传统增强子三大困境:解决海量筛选难题(天然增强子长度500-1000bp)、提升细胞类型特异性精度、破解复杂调控规则设计盲区 [6] - 模型进化阶段实现小数据大突破:训练数据量比前代减少30倍,比同类研究少800倍,引入L2正则化防止过度依赖单一转录因子 [6] - 深度学习设计的增强子特异性全面超越天然对照组,且迭代再训练可产生更优特异性设计 [8] 应用前景 - 靶向基因治疗:设计肝癌特异性增强子精准表达抗癌基因 [10] - 罕见病治疗:为遗传病定制组织特异性增强子 [10] - 合成生物学:构建细胞类型特异性生物传感器 [10] - 推动基因调控元件设计范式转变:从传统天然增强子筛选(成功率低)转向AI驱动的深度学习设计-高通量验证-数据驱动优化路径(成功率大幅提高) [10]