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AI赋能,顶刊不愁:机器学习分析代谢组/蛋白组/宏基因/16S/网络药理学/转录组
生物世界· 2025-06-11 12:01
课程核心内容 - 零基础R语言编程从入门到实战 快速打造生信分析基本功 [1] - AI赋能+CNS文献精读 拆解多组学科研经典范式与创新思路 [1] - 全面覆盖代谢组 蛋白组 微生物组 转录组等热门方向 [1] - 集成xgboost lasso 随机森林等多种机器学习模型 打造智能化分析能力 [3] - 每节课精选CNS文章源代码 手把手复现高水平研究 [3] - 独家一对一指导+包教包会教学模式 [3] - 直播授课+课后录屏 搭配完整资料包 [3] - 课后持续答疑服务 课程结束答疑不结束 [3] 课程模块设计 AI+多组学论文解读 - Deepseek高效阅读多组学CNS生信文章 [2] - AI整理代谢组 蛋白组 宏基因组数据分析流程 [2] - 从文献中快速总结多组学数据分析方法 [2] - 评价文章思路创新性和数据分析可行性 [2] 多组学课题设计 - Deepseek辅助代谢组 蛋白组 宏基因组联合分析策略 [2] - AI指导多组学交叉验证思路 [2] - 汇总生信论文模板设计要点 [2] - 构建公共数据库联合验证策略 [2] 编程基础 - R和Rstudio安装与环境配置 [2] - R语言语法及常见命令 [2] - 以Cell/Nature文章学习R包安装与使用 [2] - 向量 矩阵 数据框和列表的创建与索引 [2] - 自定义Function函数构建 [2] - 云服务器使用方法 [2] 机器学习组学分析 代谢组学 - 三大代谢物库:HMDB METLIN KEGG [4] - 无监督式机器学习应用 [4] - 三种回归分析:线性 Logistic Cox [4] - PLS-DA算法:决策树 随机森林 贝叶斯网络 [4] - Nature子刊源代码复现 [4] 蛋白组学 - 无监督聚一致性聚类 [4] - PPI蛋白互作网络构建 [4] - 通路富集网络构建 [4] - WGCNA加权基因共表达网络 [4] - Nature Medicine源代码复现 [4] 宏基因组 - 物种相关性网络分析 [6] - Alpha/Beta多样性分析 [6] - 随机森林筛选群落Biomarker [6] - Science文章源代码复现 [6] 转录组 - 随机效应模型差异基因meta分析 [12] - 转录因子富集构建调控网络 [12] - GSEA GSVA富集分析 [12] - CIBERSORT免疫浸润 [12] - CELL主刊源代码复现 [12] 多组学联合分析 - 主成分分析代谢组学和蛋白组学变量差异 [14] - 共表达网络和调控网络探索多组学数据 [14] - 多组学3D数据可视化 [14] - Metscape使用 [14] - 多组学联合分析三维多层网络 [14] - Nature Aging源代码复现 [14] 教学团队 - 主讲老师华哥 中山大学博士 东京大学医学人工智能研究员 [16] - 深耕单细胞多组学与机器学习6年 培养学员3万余人 [16] - 指导学员发表CNS主刊8篇 一区及子刊90余篇 [16] - 参与国自然重点 国家重大专项等项目申报 [16] - 发表SCI论文21篇 包括PNAS Cell Rep Med等顶刊 [16] 教学成果 - 学员发表Cell Nature Science主刊10篇 子刊及一区90余篇 [20] - 深入剖析20多篇CNS文章分析思路和方法 [22] - 中国抗癌协会肿瘤标志物学术大会开设培训专场 [23] - 广东省生信学会年会设立培训专场 [26] - 广东省中医院举办生物信息学理论培训班 [29] 课程服务 - 配备往期视频预习 免费再学机会 [32] - 课后一对一指导服务 解决所有问题 [33] - 指导无时间限制 课程结束答疑不结束 [33] - 六年前老学员仍保持联系 [33] 课程安排 - 线上线下结合 腾讯会议直播 广州线下举办 [34] - 每批只招30人 保证培训质量 [34] - 主办单位:华哥生信科研平台 [34] - 承办单位:广州百奥信息科技 广州华哥信息科技 [34]
Nature子刊:我国学者发现,纳米塑料破坏肠道-宿主相互作用,影响肠道健康
生物世界· 2025-06-11 08:00
微塑料/纳米塑料的普遍存在与危害 - 微塑料/纳米塑料在环境中无处不在,已在人体多个器官如肺、肾脏、肝脏、生殖系统及大脑中发现其积累 [1] - 日常生活中通过空气、瓶装水、食品包装袋、外卖盒等途径不可避免摄入微塑料/纳米塑料 [2] - 微塑料/纳米塑料会破坏肠道菌群平衡,与肠屏障功能障碍、炎症及免疫失衡相关 [2] 纳米塑料的毒性机制 - 纳米塑料因粒径小于1000纳米,穿透力更强,可能比微塑料造成更严重的生物危害 [2] - 聚苯乙烯纳米塑料通过细胞外囊泡递送的microRNA改变细菌与宿主的相互作用,破坏肠道完整性 [4][6] - 纳米塑料在小鼠肠道中积聚,改变miR-501-3p和miR-700-5p表达,损害ZO-1和MUC-13蛋白表达,增加肠道通透性 [7] 纳米塑料对肠道微生物群的影响 - 纳米塑料提高杯状细胞来源的细胞外囊泡中多种miRNA水平,干扰ZO-1表达 [8] - 纳米塑料诱导肠道微生物群失衡,增加瘤胃菌(Ruminococcaceae)丰度,改变杯状细胞分泌的细胞外囊泡特征 [8] - 毛螺菌科(Lachnospiraceae)细菌内化纳米颗粒,其细胞外囊泡可抑制MUC-13表达 [8] 研究意义与未来方向 - 研究揭示了纳米塑料损害肠道完整性并改变微生物群组成的机制,可能导致不良健康后果 [10] - 需进一步探讨纳米塑料积累对人类健康的具体影响 [10] - 相关研究成果发表于《Nature Communications》,论文链接提供详细数据 [3][11]
直播解读:AAV-Cre-loxP基因编辑系统,从原理到应用
生物世界· 2025-06-10 17:45
基因编辑技术课程 - 公司将于6月12日晚7点举办「Cre-loxP系统结合AAV的应用」主题课程,由高级产品经理刘凡瑞和AAV基因治疗项目经理熊泽浩主讲 [2] - 课程内容涵盖Cre-loxP系统与AAV技术的核心原理、关键优化策略及典型应用案例 [2][7] - 参与者可通过扫码提交问题,成功报名可参与SKG颈部按摩仪(价值500元)等抽奖活动 [2][6] 技术应用问题探讨 - 文献选择AAV递送Cre酶而非传统Cre转基因小鼠的原因将被解析 [4] - 课程将探讨AAV-Cre在脑神经研究、器官特异性编辑等场景的独特优势 [4] - 涉及AAV载体设计细节,包括启动子选择、血清型匹配和剂量优化等关键因素 [4] 课程内容结构 - 第一部分回顾Cre-loxP系统及AAV基础知识 [10] - 第二部分深入探讨Cre-loxP与AAV技术联用的方法 [10] - 第三部分通过案例讲解实际应用,并设置福利抽奖环节 [10] 讲师背景 - 刘凡瑞为华南农业大学硕士,专注分子生物学和遗传修饰模式动物开发,具备生物信息产品开发经验 [13] - 熊泽浩专注于AAV基因治疗领域,擅长病毒衣壳进化研究和病毒业务方案设计 [15] 辅助资源 - 公司提供免费《Cre-loxP重组酶系统使用手册》PDF版,涵盖工具鼠构建至鉴定的全流程技术细节 [15] - 手册包含20项核心内容,如loxP位点变体、Cre工具鼠繁殖路线及他莫昔芬诱导注意事项等 [20] 产品与服务 - 公司提供基因编辑小鼠定制、现货模型及繁育服务,AAV病毒定制业务覆盖高纯度/高滴度病毒生产 [21] - 工具鼠模型包括Cre工具鼠、诱导型Cre工具鼠、荧光标记模型等,支持多组织重组酶活性验证 [26] - 产品列表显示Adipoq-iCre靶向脂肪细胞,Eno2-P2A-CreERT2靶向神经系统神经元等具体应用案例 [27]
Nature Aging:防治阿尔茨海默病新方法——在小胶质细胞中过表达ACE
生物世界· 2025-06-10 17:45
晚发性阿尔茨海默病研究进展 - 晚发性阿尔茨海默病(LOAD)是指65岁之后发病的阿尔茨海默病(AD),占所有阿尔茨海默病的90%以上 [2] - 全基因组关联研究(GWAS)已确定多个与LOAD发病风险增加相关的基因多态性,这些等位基因通过影响小胶质细胞的先天免疫反应和脂质代谢来改变疾病发生机制 [2] ACE在小胶质细胞中的作用 - 在小胶质细胞中增强血管紧张素转换酶(ACE)表达能够保护阿尔茨海默病小鼠模型的大脑 [2] - 表达ACE的小胶质细胞可能作为一种治疗阿尔茨海默病的新型细胞疗法 [2] - ACE是一种在全基因组关联研究中发现与LOAD风险相关的基因表达产物 [2] 5xFAD小鼠模型研究结果 - 特异性提高ACE在小胶质细胞中的表达水平能够减少β-淀粉样蛋白(Aβ)斑块负荷 [3] - 表达ACE的小胶质细胞能保护易损神经元和兴奋性突触,显著改善学习和记忆异常 [3] - 表达ACE的小胶质细胞更频繁地环绕斑块,对Aβ的吞噬作用增强 [3] - 表达ACE的小胶质细胞内吞溶酶体运输增加,在Aβ受体Trem2和Clec7a下游的脾酪氨酸激酶激活也有所增加 [3] 研究意义 - 该研究确立了ACE在增强小胶质细胞免疫功能方面的作用 [3] - 表达ACE的小胶质细胞有可能作为细胞疗法,用于增强AD中内源性小胶质细胞对Aβ的反应 [3]
让科研人员不再做牛马!斯坦福大学华人团队打造首个通用生物医学AI智能体,从设计实验、数据分析到药物发现全自动搞定
生物世界· 2025-06-10 16:21
2025 年 6 月 2 日, 斯坦福大学 黄柯鑫 、 Serena Zhang 、 王瀚宸 、 屈元昊 、 陆荧洲 等研究人员领衔的团队,联合 Genentech、Arc Institute、 加州大学 旧金山分校及 普林斯顿大学等 多个顶尖研究机构,发布了一款 通用生物医学 AI 智能体 —— Biomni ,该智能体能够自主完成横跨遗传学、基因组学、微生物 学、药理学和临床医学等多个生物医学分支领域的复杂研究任务 。 Biomni 的诞生标志着 AI 在生物医学研究中从"工具使用者"向"自主决策者"的跃迁 。通过将分散的科研资源整合为可操作的 智能体行为单元 ,不仅破解了传统 研究流程的碎片化瓶颈,更可能催生跨学科、高通量的自主 化科学发现引擎 。 该研究以: Biomni: A General-Purpose Biomedical AI Agent 为题,发表在了预印本平台 bioRxiv 上,研究团队在 biomni.stanford.edu 开放免费注册和使用 编辑丨王多鱼 排版丨水成文 生物医学研究是增进人类对健康和疾病的理解、推动药物研发以及提升临床护理水平的基础。 然而,在生物医学实验室中, ...
一文读懂!依科赛FSP优级胎牛血清如何成就脂质代谢高分文献的重大突破
生物世界· 2025-06-10 12:00
心血管领域研究突破 - 武汉大学王琰团队在Circulation期刊发表研究论文,揭示PCSK9通过阻碍SNX17介导的LDLR回收途径促进LDLR降解的机制,为高胆固醇血症治疗提供新方向 [1][2] - 研究采用HuH7细胞、LDLR基因敲除HuH7细胞等模型,系统验证SNX17对LDLR回收的影响及PCSK9的干扰作用 [2] - 实验中使用了依科赛FSP优级胎牛血清支持细胞培养,该产品被CNS等顶级期刊数千篇SCI论文引用 [2][4] 胎牛血清行业标准 - 国际血清行业协会ISIA要求血清产品必须标注原产地信息,合规品牌如依科赛会明确标注产地国家以保障可追溯性 [6] - 走私血清多来自牛疫病频发国家,存在重大生物安全隐患,中国曾发生因使用未检疫实验材料导致28人感染的重大事故 [8][10] - 宁波海关近期破获涉案1200万元的牛血清走私案,走私团伙将疫区血清伪报为"高级培养基"入境 [10][12] 依科赛生物核心竞争力 - 公司胎牛血清产品被CNS等顶级期刊引用,覆盖多研究领域,最高影响因子超60,体现其在高端科研场景的适用性 [4] - 作为首家加入ISIA的中国企业,公司在澳洲、乌拉圭和中国拥有血清生产基地,实现采集、生产、质检全流程管控 [15][16] - 所有血清产品均提供进口报关单、检验检疫证明等完整资质文件,确保源头可追溯 [14]
Nature重磅:90后华人学者开发新型血栓清除术,有望颠覆中风、心脏病等疾病治疗
生物世界· 2025-06-10 12:00
机械血栓切除术现状 - 机械血栓切除术是治疗缺血性中风、心肌梗死、肺栓塞和外周血管疾病的微创技术,通过抽吸、支架取栓器或切割机制清除血栓[1] - 在治疗缺血性中风时,快速清除血栓对患者预后至关重要[2] - 现有技术在10%-30%的患者中无法成功清除血栓,尤其对大体积且富含纤维蛋白的血栓效果不佳,并可能导致血栓破裂和远端栓塞[3] 微型旋流取栓术技术突破 - 斯坦福大学赵芮可团队开发出微型旋流取栓术,清除效果是现有技术的2倍多[5] - 对最难处理的血栓,现有技术清除概率仅11%,而微型旋流取栓术首次尝试畅通概率达90%[7] - 该技术通过旋转导管上的鳍片和狭缝产生局部负压,施加压缩力和剪切力将纤维蛋白丝卷成紧密球体,使血栓体积缩减至初始5%以下[10][16] - 突破传统装置易导致血栓碎裂的局限,能高效清除血栓同时最小化栓塞风险[13] 技术原理与优势 - 微型旋流器主体为高速旋转的空心导管,通过流体动力学效应形成负压吸引区[10][15] - 独特力学原理可压缩纤维蛋白网络,适用于各种成分和大小的血栓,包括富含纤维蛋白的硬血栓[17] - 技术源于团队在微型机器人领域的研究积累,其旋转结构最初设计用于机器人推进机制[18][20] 应用前景与商业化进展 - 除血栓治疗外,该技术在生物医学领域有广泛潜在应用,如清除肾结石碎片[23] - 团队已成立公司推进技术开发,计划近期开展临床试验[24] - 技术核心价值在于主动重塑和压缩血栓的机制,而非单纯取出血栓[25] 研发团队背景 - 赵芮可团队专注于柔性智能材料研究,在微型机器人、生物医学设备等领域有深厚积累[27] - 技术突破建立在其2022年开发的磁力驱动折纸毫米机器人研究基础上[18]
时隔一年,张磊团队再发NEJM:为免疫性血小板减少症带来新疗法
生物世界· 2025-06-10 12:00
免疫性血小板减少症(ITP)治疗进展 - 抗CD38单克隆抗体(CM313)在1/2期临床试验中显示出良好安全性和持久疗效 在22例患者中95%达到血小板计数50×10⁹/L 出血比例从基线68%降至第8周5%和第24周10% 长期缓解率超60% [1] - 这是《新英格兰医学杂志》首次发表中国原创新药的1/2期临床试验结果 [1] Daratumumab治疗儿童ITP研究 - 2期临床试验显示Daratumumab在复发或难治性儿童ITP患者中多数产生应答 血小板计数迅速上升 半数患者产生持久应答 [3] - 研究针对糖皮质激素治疗失败且至少接受过一种二线治疗的儿童ITP患者 [6] - 20名患者中90%在8周内观察到血小板应答 抗CD20单抗治疗失败患者中86%也出现应答 [7] - 血小板应答中位时间为1周 达到50×10⁹/L的中位时间为19周 24周时50%患者产生持续性应答 [7][8] Daratumumab安全性表现 - 严重不良事件发生率低 无治疗中断 最常见为输液相关反应(35%)和上呼吸道感染(30%) 均无长期并发症 [10] - 早期应答率高 起效迅速 疗效持久 安全性良好 展现作为儿童ITP潜在治疗选择的良好前景 [11]
中山大学发表最新Nature论文
生物世界· 2025-06-10 07:56
编译丨王聪 编辑丨王多鱼 排版丨水成文 总的来说,该研究证实了 NINJ1 是膜生物力学特性的真正决定因素, 还表明了 在不同机械微环境的组织中,质膜破裂受到 NINJ1 表达差异和外部机械力的精细 调控。 论文链接 : 质膜的完整性对于细胞功能的几乎所有方面都至关重要。 机械力 可导致质膜受损,但尚不清楚是否存在大分子在机械应变下调控质膜的完整性。 2025 年 6 月 9 日,中山大学第一附属医 院 许杰 、 向芙莉 、新泽西州立大学 Zheng Shi 及北京生命科学研究院 邵峰 院士等,在国际顶尖学术期刊 Nature 发 表了题为 : NINJ1 regulates plasma membrane fragility under mechanical strain 的研究论文。 在这项最新研究中,研究团队构建了一个 384 孔细胞拉伸系统,能够对培养细胞施加精确且可重复的拉伸力。利用该系统,研究团队使用 10843 种 siRNA 以靶 向筛选 2726 种多重跨膜蛋白,以检测拉伸诱导的膜通透性变化。 该筛选结果将 NINJ1 蛋白质列为首要发现,该蛋白质最近被发现可调控细胞焦亡及其他溶解性细胞死亡 ...
吴丰昌院士Science发文:关注可降解“环保”塑料的生态风险
生物世界· 2025-06-09 16:29
生物可降解塑料行业现状 - 生物可降解塑料被视为传统石油基塑料的环保替代品,广泛应用于食品包装、一次性餐具及生物医学递药载体[1] - 2024年全球生物可降解塑料产量达247万吨,预计2029年将增长至573万吨,年复合增长率约18%[2] - 全球塑料条约草案认为生物可降解塑料可能终结塑料污染,消费者需求增长推动行业扩张[2] 生态风险与科学发现 - 生物可降解塑料风化会释放低聚物,具有持久性有机污染物特征,其生物利用度高于固体塑料颗粒,对野生动植物和人类暴露风险更高[4] - 挪威研究理事会数据显示,超过9000种塑料化学品缺乏监管信息,其中对苯二甲酸和双酚A等物质被证实会干扰细胞线粒体代谢,导致遗传、生殖和免疫毒性[5] - 聚乳酸(PLA)释放的乳酸低聚物会促进放线菌门微生物生长,可能加剧塑料圈相关的温室气体排放[5] 风险放大机制 - "塑料圈"现象(塑料表面微生物定殖)会加剧生物可降解塑料的生态风险[5] - 气候变化导致气温上升,可能使低聚物对生物多样性的影响更复杂化[5] 关键解决策略 - 需查明毒性低聚物的来源和降解途径,开发可控且完全降解的新型生物可降解塑料[5] - 通过重新设计材料结构实现单体回收,或用更安全的生物基替代品取代有害低聚物[5] - 研究机构、企业和政策制定者需协同推进生物可降解塑料循环经济[5]